Sungguhpun Pangasiidae membentuk kumpulan yang monofiletik, beberapa kajian menunjukkan kumpulan ini sebenarnya mungkin subtakson yang bersarang dalam keluarga Schilbeidae. Dengan ini, status kekeluargaan Pangasiidae seterusnya mungkin tidak mendapat pengakuan.[2]

Dua fosil spesies pangasiid telah digambarkan, Cetopangasius chaetobranchus dari Miosen, dan Pangasius indicus dari Eosen. Namun, usia P. indicus dari Eosen yang dilaporkan boleh dipertikai, memandangkan stratum Fauna Sipang di mana ia dijumpai belum ditarikhkan secara rasmi. Dengan itu, usia fosil pangasiid terawal yang boleh dipercayai adalah bagi C. chaetobranchus dari Miosen.[2]